1、難以籌集大量資金。因為一個人的資金終歸有限，以個人名義借貸款難度也較大。因此，獨資企業限制了企業的擴展和大規模經營。

2、投資者風險巨大。企業業主對企業負無限責任，在硬化了企業預算約束的同時，也帶來了業主承擔風險過大的問題，從而限制了業主向風險較大的部門或領域進行投資的活動。這對新興產業的形成和發展極為不利。

3、企業連續性差。企業所有權和經營權高度統一的產權結構，雖然使企業擁有充分的自主權，但這也意味著企業是自然人的企業，業主的病、死，他個人及家屬知識和能力的缺乏，都可能導致企業破產。

4、企業內部的基本關系是雇傭勞動關系，勞資雙方利益目標的差異，構成企業內部組織效率的潛在危險。

1、個人獨資企業必須要有固定的生產經營場所和合法的企業名稱，而個體工商戶可以不起字號名稱，也可以沒有固定的生產經營場所而流動經營。換句話說，合法的企業名稱和固定的生產經營場所是個人獨資企業的成立要件，但不是個體工商戶的成立要件。

 

2、個體工商戶的投資者與經營者是同一人，都必須是投資設立個體工商戶的自然人。而個人獨資企業的投資者與經營者可以是不同的人，投資人可以委托或聘用他人管理個人獨資企業事務。也就是說，個人獨資企業的所有權與經營權是可以分離的，這就決定了個人獨資企業更符合現代企業制度的特征。而個體工商戶的所有權與經營權是集于投資者一身的，已不能適應于現代企業制度發展的要求，所以它只能適用于小規模的經營主體。

 

3、個人獨資企業可以設立分支機構，也可以委派他人作為個人獨資企業分支機構負責人。這一規定，說明了個人獨資企業不但可以在登記管理機關轄區內設立分支機構，也可以在異地設立分支機構，由設立該分支機構的個人獨資企業承擔責任。而個體工商戶根據規定不能設立分支機構。另一方面個體工商戶雖然可以異地經營，但隨著各地近幾年相繼簡化了外來人員的登記手續，從而使個體工商戶的異地經營這一規定逐漸淡化。由此可以看出，個人獨資企業的總體規模一般大于個體工商戶。

 

4、個人獨資企業與個體工商戶的法律地位不盡相同。在民事、行政、經濟法律制度中個人獨資企業是其他組織或其它經濟組織的一種形式，能以企業自身的名義進行法律活動。而個體工商戶是否能夠作為其它組織或其它經濟組織的一種形式，一直是國內民法學家的爭論對象。在日常法律活動中，個體工商戶的法律行為能力往往受到一定的限制，更多的時候，個體工商戶是以公民個人名義進行法律活動的。事實上，國內就有許多法律專家提出個體工商戶不是法律意義上的企業。另外，個人獨資企業與個體工商戶作為市場主體參與市場經濟其他活動的能力不同，如個人獨資企業可以成為公司的股東，從而以企業名義享有公司股東的權利和義務，而個體工商戶一般不能以企業名義作為公司股東，只能以個人投資者(自然人)身份成為公司股東。

 

5、個人獨資企業與個體工商戶在財務制度和稅收政策上的要求也不盡相同。事實上，這也是投資者較關心的問題。根據《個人獨資企業法》的規定,個人獨資企業必須建立財務制度，以進行會計核算。值得一提的是，個人獨資企業的財務制度是個人獨資企業的必備條件，不以任何部門的要求而改變。而個體工商戶由于情況復雜，是否要建立會計制度爭論較多，在即將實施的新《會計法》中也只作了原則規定。按照執法情況看，個體工商戶可以按照稅務機關的要求建立賬簿，如稅務部門不作要求的，也可以不進行會計核算。另外，在稅收政策方面，由于我國的稅收法律制度是一個相對獨立的體系，它與市場主體法律制度之間沒有統一的聯系。稅務部門認定一般納稅人和小規模納稅人的標準并不是以企業的市場主體地位不同而劃分的。一般來說，個體工商戶較難認定為一般納稅人，而個人獨資企業如符合條件則可以認定為一般納稅人。如何把市場主體立法與稅收立法有機地結合起來，是今后完善社會主義市場經濟法律制度值得探討的問題。

 

企業所得稅    個人所得稅（分紅）   合計稅金
有限公司    1000x25%=250  750x20%=150          400
設立個人獨資企業抵相應的企業成本：1000萬利潤成本，服務費、咨詢費、勞務外包服務費等現代服務業作為個人經營勞動所得
增值稅                  個人所得稅          合計稅金
1000x6%=60萬（可抵扣）  1000x3.5%=35萬         95萬
（實際只繳納了35萬）
在同樣完成稅收清繳情況下兩者相比，相差305萬元，除去增值稅抵扣的話相差365萬。
 
 
2、如何通過個人獨資企業轉移企業利潤

A生產型公司（外省市企業）、B公司（注冊在山陽園區）C客戶企業
原流程：
進項發票3000萬——》A公司8000萬——》C客戶
所繳納稅額：增值稅：（8000-3000）*13%=650萬
             企業所得稅：5000*30%（企業利潤）*25%=375萬
             個人所得稅（分紅）1125*20%=225萬
             合計稅收:1250萬
通過個人獨資轉移企業利潤后：
進項發票3000萬——》個人獨資企業8000萬——》A公司8100——》C客戶
個人獨資所繳納稅額：增值稅：（8000-3000）*13%=650萬
                    個人所得稅（核定征收）8000*1.75%=140萬
A公司繳納：增值稅： （8100-8000）*13%=13萬
           企業所得稅：100*30%（企業利潤）*25%=7.5萬
個人所得稅（分紅）92.5*20%=18.5萬
合計金額：個人獨資企業790+A公司39=829.
兩者比較：1250-829=421萬
 
 
3、通過個人獨資轉移企業利潤后：

進項發票3000萬——》個人獨資企業8000萬——》B公司8050萬——》A公司8100——》C客戶
 
個人獨資所繳納稅額：增值稅：（8000-3000）*13%=650萬
                    個人所得稅（核定征收）8000*1.75%=140萬
B公司繳納：增值稅：（8050-8000）*13%=6.5萬
           企業所得稅：50*30%（企業利潤）*25%=3.75萬
           個人所得稅（分紅）：13.75*20%=2.75
A公司繳納：增值稅： （8100-8050）*13%=6.5萬
           企業所得稅：50*30%（企業利潤）*25%=3.75萬
個人所得稅（分紅）13.75*20%=2.75萬
合計：個人獨資790+B公司13+A公司13=816萬。兩者比較：1250-816=434萬